Đại sư Choying Dorje sinh ngày 8 tháng 3 năm Mộc Thìn (1604) tại vùng Golok, cực bắc Tây Tạng. Trong thời gian mang thai ngài, người mẹ có nhiều giấc mơ xuất hiện như những điềm lành. Tương truyền, ngay sau khi sinh ra ngài đã đứng dậy bước đi bảy bước như khi đức Phật Thích-ca vừa đản sinh.

Sau đó, ngài được vị Shamar Chokyi Wangchuk nhận biết là hóa thân tái sinh của đức Karmapa. Vì đức vua xứ Tsang là người sùng kính giáo pháp của dòng Karma Kagyu nên sau đó ngài liền được đưa vào nuôi dưỡng trong lâu đài của một vị hoàng tử ở Machu là Chang Mowa, và ngay từ khi còn bé đã được đối xử như một vị đạo sư phi thường.

Chỉ vào năm 6 tuổi ngài đã biểu lộ tài năng xuất chúng khi vẽ những bức tranh đẹp hơn tất cả các vị thầy dạy của mình và thể hiện tài năng của một nhà điêu khắc tài hoa. Đồng thời ngài cũng sớm thể hiện tâm từ bi vô hạn ngay từ khi còn là một đứa trẻ. Một hôm, ngài nhìn thấy những người thợ cạo lông cừu. Ngài xúc động rơi nước mắt và khẩn khoản đến xin những người thợ hãy dừng ngay việc ấy. Một ngày khác khi ngài đang dạo chơi, một con nai đang bị săn đuổi đã chạy đến chỗ ngài để tìm sự che chở. Ngài đứng chắn trước con nai để nó không bị chó săn làm hại, rồi dùng tâm từ bi làm chuyển hóa con chó săn, khiến nó trở nên hiền lành, không còn hung hăng như trước nữa. Khi người thợ săn đuổi đến, ngài thuyết phục ông ta hãy bỏ nghề và trao cho ông một số tiền. Người thợ săn cảm động trước tấm lòng từ bi của ngài đến nỗi ông ta thề sẽ không bao giờ làm nghề săn bắn nữa.

Năm ngài được 8 tuổi, Shamar Chokyi

Wangchuk tổ chức nghi lễ chính thức công nhận ngài là hóa thân tái sinh của đức Karmapa. Tiếp theo, một buổi lễ đăng quang được tổ chức long trọng tại tu viện Nyingche Ling để tất cả mọi người đều được biết đến sự ra đời của ngài.

Sau đó, ngài lên đường đến Tsurphu để gặp đại sư Pawo Tsuglak Gyaltsho. Vị này đã truyền giới sa-di cho ngài cũng như truyền dạy các phần giáo pháp căn bản. Sau một thời gian nỗ lực học tập tại đây, ngài đã có thể nắm vững hầu hết những phần giáo pháp quan trọng nhất. Tiếp đó, ngài nhận lời thỉnh cầu đến viếng thăm vị hoàng tử xứ Tsang là Karma Phuntsog Namgyal, người hiện đang nắm quyền ở hầu hết các vùng lãnh thổ của Tây Tạng sau khi triều đại Rinpung sụp đổ.

Năm 21 tuổi, ngài chính thức thọ giới cụ túc để trở thành một vị tỳ-kheo. Vào thời điểm này, ngài đã nhận được sự truyền thừa toàn bộ giáo pháp của dòng Karma Kagyu. Từ đó, ngài tập trung mọi nỗ lực tu tập vào việc thực hành thiền định.

Vào thời đức Karmapa đời thứ mười, mối quan hệ giữa phái Gelugpa (Cách-lỗ) và phái Karma Kagyu không được tốt đẹp. Đức vua Desi Karma Tenkyong Wangpo của xứ Tsang là người tin theo phái Karma Kagyu và hiện đang nắm giữ quyền cai trị trên hầu hết các vùng lãnh thổ của Tây Tạng. Đức Karmapa Chưying Dorje đã dự báo trước về những cuộc chiến tranh và xung đột chính trị sắp xảy ra, khi phái Gelugpa (Cách-lỗ) muốn liên kết với người Mông Cổ để chống lại phái Karma Kagyu. Ngài nhận biết rằng sự quan tâm về chính trị sẽ lôi kéo quân đội Mông Cổ vào việc ủng hộ phái Gelugpa, và trong cuộc xung đột này ngài sẽ phải rời khỏi miền trung Tây Tạng trong một thời gian dài. Vì thế, ngài mang tất cả

những tài sản sở hữu của mình phân phát cho người nghèo, và đồng thời chỉ định Goshir Gyaltsab làm người đại diện cho ngài.

Quả nhiên, quân đội Mông Cổ do Đại Hãn Gushri chỉ huy đã tấn công Shigatse và sau đó tiếp tục tấn công hầu hết các vùng của Tây Tạng, gây ra những sự tàn phá và hủy hoại phần lớn đất nước, rồi cuối cùng bao vây và khống chế tu viện Tsurphu của đức Karmapa, nơi đặt trụ sở chính của phái Karma Kagyu.

Đức Karmapa Chưying Dorje bị buộc phải rời khỏi vùng này. Vào đêm xảy ra cuộc chiến loạn, nhiều người nhìn thấy ngài nắm tay người tùy tùng của ngài và cả hai cùng bay bổng giữa không trung, vượt qua những đoàn quân lính đang vây chặt bên dưới. Bằng cách đó, ngài đã thoát khỏi sự vây hãm của quân đội và đi thẳng đến những vùng rừng núi hoang vắng của Bhutan và sống tại đây trong 3 năm. Sau đó họ đi đến vùng đất mà ngày nay là miền bắc của tỉnh Yunnan, thuộc Trung Hoa. Các tu viện ở đây vui mừng đón tiếp ngài và được ngài truyền dạy giáo pháp. Trong suốt thời gian sau đó, khi đức Karmapa đi qua bất cứ nơi nào ngài cũng đều truyền dạy giáo pháp và khơi dậy tinh thần tu