Trước khi phái đoàn chính thức tiến hành các hoạt động tiếp xúc, điều tra, Chính phủ ông Diệm đã nhiều lần “hứa sẽ làm tất cả mọi việc để tạo sự dễ dàng cho nhiệm vụ điều tra sự thật của phái đoàn” (promised to do everything to facilitate the Mission’s task of finding the facts). Tuy nhiên, ngay hôm sau đó (25-10-1963), khi phái đoàn tiến hành việc thăm viếng các chùa Xá Lợi, Ấn Quang và Giác Lâm theo lịch trình do chính phía Chính phủ Việt Nam Cộng hòa đề xuất thì thực tế đã cho thấy điều ngược lại.
Theo lịch trình, chuyến thăm chùa Ấn Quang “ban đầu được sắp xếp sớm hơn vào buổi chiều, nhưng phía Việt Nam đã hoãn lại, tự thay đổi thời biểu mà không hề hỏi ý Phái đoàn” (originally arranged for earlier in the afternoon, was delayed by the Government which had changed the schedule without consulting the Mission).
Tệ hơn nữa, “vào phút cuối thì chuyến thăm chùa Ấn Quang đã bị hủy bỏ” (At the last minute the visit to the An-Quang Pagoda was cancelled) và khi phái đoàn yêu cầu một lời giải thích chính thức về sự thay đổi này, phía Việt Nam đã nói rằng do Sư cô Diệu Huệ và Hòa thượng Thích Tịnh Khiết “bị mệt vào chiều hôm đó” (were tired in the late afternoon). Tuy nhiên, sau đó thì phái đoàn đã tìm hiểu được rằng trong thực tế Sư cô Diệu Huệ và Hòa thượng Thích Tịnh Khiết đã chờ suốt buổi chiều hôm ấy để tiếp đón phái đoàn. Sự dối trá này quả thật là một khởi đầu không mấy tốt đẹp cho hình ảnh của Chính phủ ông Diệm. Sau đó, Phái đoàn cũng nhận được thông tin từ chùa Ấn Quang đoan chắc rằng phái đoàn có thể đến thăm chùa bất kỳ lúc nào, tốt hơn là vào buổi sáng, và cả hai người (Sư cô Diệu Huệ và Hòa thượng Thích

Tịnh Khiết) sẽ có mặt ở chùa. (the Mission was assured that it could visit the pagoda at any time, preferably in the morning, and that these two personalities would be there).
Từ thực tế này, ngày 26-10-1963, Phái đoàn đã gửi đến Chính phủ một văn bản nói rõ dự trù chương trình sắp đến của Phái đoàn, trong đó có những điểm đáng lưu ý là:
 Hủy bỏ toàn bộ các hoạt động do Chính phủ đề xuất trong 3 ngày 27, 28 và 29 tháng 10. Thay vào đó, Phái đoàn sẽ tùy ý đến thăm các trại giam thanh thiếu niên, các vị tăng sĩ còn bị giam trong tù, đồng thời tự đến viếng thăm chùa Ấn Quang.
 Phái đoàn sẽ đến Huế vào ngày 30-10-1963 như chương trình đề xuất của Chính phủ, nhưng sẽ dành thời gian viếng thăm chùa Từ Đàm cùng một số chùa khác sau khi tiếp xúc với các đại diện của chính quyền tại Huế. Phái đoàn cũng sẽ tiếp xúc, phỏng vấn trực tiếp một số nhân chứng tại Huế nhưng danh sách những người này sẽ gửi đến Chính phủ sau.
 Phái đoàn quyết định hủy bỏ tất cả các sự kiện có tính giao tiếp xã hội và các đề xuất du lịch ở Huế. Những ngày còn lại trong tuần sẽ được dành trọn để lắng nghe các nhân chứng. Phái đoàn cũng cho biết là họ hy vọng có thể hoàn tất nhiệm vụ và rời khỏi Việt Nam trước ngày thứ Hai, 4-11-1963.
Điều tất nhiên là Chính phủ trả lời đồng ý với các dự tính và quyết định của Phái đoàn. Tuy nhiên, Chính phủ cũng đề nghị thêm là phái đoàn nên viếng thăm tỉnh Vĩnh Bình, nơi có nhiều Phật tử gốc Khmer. Phái đoàn trả lời là tạm thời chưa quyết định việc này.
Ngay trong buổi chiều ngày 26-10, Phái đoàn chính thức đưa ra một thông cáo báo chí, mời gọi tất cả những ai quan tâm

đến nội dung điều tra của Phái đoàn đều có thể đến gặp họ để trình bày trực tiếp hoặc trao các kiến nghị, thỉnh nguyện. Các thành viên cùng đồng ý là thông cáo này sẽ cùng lúc đưa ra cho giới báo chí địa phương cũng như quốc tế, đồng thời gửi đến Bộ Ngoại giao VNCH kèm theo một ghi chú bên ngoài cho biết là thông cáo này đã được phổ biến. Phái đoàn đã thực hiện việc này trong phạm vi chức năng của mình và muốn có được sự hợp tác từ Chính phủ trong việc phổ biến rộng ra công chúng. Mặc dù vậy, sau khi nhận được thông tin này từ phái đoàn, “đại diện Chính phủ tỏ ra ngạc nhiên và thất vọng” (the Government’s representative expressed surprise and disappointment) vì việc này đã được thực hiện mà “không có sự tham khảo trước ý kiến của Chính phủ” (without prior consultation with the Government). Đại diện Chính phủ cũng nói thêm rằng, lẽ ra trong thông cáo phải nhắc đến việc Chính phủ VNCH đã chủ động mời phái đoàn của Liên Hiệp Quốc đến. Sau khi thảo luận về việc này, Phái đoàn tuyên bố họ không phản đối việc đưa thêm các thông tin như thế vào khi phổ biến, miễn là phần nội dung chính của bản thông cáo phải được đặt trong ngoặc trích hoàn toàn chính xác như đã được Phái đoàn đưa ra.
Bản thông cáo này sau đó đã xuất hiện trên cơ quan truyền thông chính thức của Chính phủ Việt Nam, bằng cả tiếng Anh và tiếng Pháp. Báo chí địa phương cũng đăng tải lại toàn văn bằng tiếng Anh và tiếng Pháp một ngày sau đó. Trên một vài tờ báo địa phương, Phái đoàn cũng xác nhận bản thông cáo đã được loan tải bằng tiếng Việt. Mặc dù có cáo buộc từ một số nguồn tin quốc tế rằng bản thông cáo không được loan tải đầy

đủ trên các báo tiếng Việt, nhưng Phái đoàn đã không có đủ điều kiện để khảo sát một cách hệ thống về điều này, và vẫn cảm thấy đã nhận được sự hợp tác hợp lý từ giới truyền thông địa phương trong việc thông tin đến với công chúng, để những ai muốn làm nhân chứng hay đệ trình thỉnh nguyện đều được biết.
Sau đó, Phái đoàn đã soạn thảo một danh sách các nhân chứng mà họ muốn phỏng vấn, sử dụng tất cả những nguồn thông tin có được nhưng hoàn toàn không tham khảo gì từ phía Chính phủ VNCH, rồi chuyển danh sách này đến cho Chính phủ vào ngày 27-10-1963. Sau đó còn có thêm 2 bản danh sách nữa tiếp tục được chuyển đến Chính phủ. Trong ngày 28-10-1963, phái đoàn cũng chuyển đến cho Chính phủ một bản liệt kê các cáo buộc đối với Chính phủ mà phái đoàn quan tâm và muốn có được những câu trả lời hay giải thích từ phía Chính phủ. Một bản cáo buộc thứ hai dựa trên các thông tin mà phái đoàn nhận được tại Việt Nam được tiếp tục chuyển đến cho Chính phủ vào ngày 31-10-1963.
Ngày 28-10-1963, phái đoàn nhận được một văn thư từ phía Chính phủ, hồi đáp về danh sách các nhân chứng cũng như bản liệt kê các cáo buộc mà Chính phủ đã nhận được. Điểm đáng chú ý là trong nội dung văn thư có đoạn nêu rõ: “Những thông tin cáo buộc Chính phủ” (communication of charges made against the Government) cần phải được chuyển đến cho Chính phủ để “so sánh với những dữ kiện và chứng cứ mà Chính phủ Việt Nam có quyền trưng dẫn” (compare them with the facts and evidence which the Viet-Namese Government is entitled to present). Nội dung văn thư này nhấn mạnh: ‘Nếu không thì những cáo buộc hay chứng cứ được đưa ra đó sẽ không có giá trị gì cả.”

(Otherwise these allegations or testimonies would have no validity whatsoever.) Bằng lập luận này, rõ ràng Chính phủ ông Diệm từ một đối tượng của cuộc điều tra đã muốn tham gia vào ngay cả tiến trình điều tra đó với tư cách của một thành viên có quyền thay đổi kết quả.
Trong buổi làm việc với Bộ trưởng Ngoại giao ngày 28-10-1963, vị Trưởng đoàn Điều tra đã hết sức khéo léo khi trả lời về điểm này. Ông nói, tất cả các cáo buộc sẽ được chuyển đến cho Chính phủ, “nhưng sẽ không có thông tin về nguồn cáo buộc” (would not, however, contain any references to the sources from which the accusations came), nghĩa là về những ai đã đưa ra các cáo buộc đó. Vị Trưởng đoàn cũng nhấn mạnh, “phái đoàn mong muốn tìm ra sự thật và phải tự mình tiếp cận với mọi quan điểm” (the Mission wanted to find the facts and had to acquaint itself with all points of view).
Về danh sách các nhân chứng mà Phái đoàn muốn gặp để phỏng vấn, Bộ trưởng Ngoại giao VNCH nói rằng: “Chính phủ không thể ép buộc các nhân chứng đến gặp Phái đoàn, nhưng sẵn sàng mời những người ấy đến gặp nếu họ muốn.” (The Government was in no position to force them to appear before the Mission, but it offered to invite them to do so if they wished.) Đáp lại điểm này, vị Trưởng đoàn đồng ý rằng không nên ép buộc bất kỳ nhân chứng nào. Tuy nhiên, nếu một nhân chứng nào đó không đến gặp phái đoàn sau khi Chính phủ đã có lời mời, thì “Phái đoàn có thể sẽ cố tìm cách đến gặp họ để xác nhận việc họ không muốn làm nhân chứng”. (The Mission would try to get in touch with them and obtain confirmation of their desire not to testify).
Cuối cùng, Bộ trưởng Ngoại giao VNCH truyền đạt rằng Chính phủ VNCH sẽ không đáp ứng

đối với một số nhân chứng “được xem là đối lập chính trị” (considered as political opponents).
Như vậy, từ ngày 24-10 đến 28-10-1963, Phái đoàn điều tra đã xác lập rõ ràng phương thức làm việc độc lập, khách quan, né tránh được mọi tác động từ phía Chính phủ VNCH. Phái đoàn cũng đã chuẩn bị xong danh sách các nhân chứng cần phỏng vấn và hệ thống tất cả các cáo buộc đã nhận được từ nhiều nguồn khác nhau. Ngày 27-10, Phái đoàn tự tìm đến chùa Ấn Quang để tiếp xúc và phỏng vấn một số các vị lãnh đạo Phật giáo tại đó. Bất chấp sự ngăn trở cố ý của Chính phủ như vào ngày 25-10, Phái đoàn cuối cùng cũng đã tìm gặp được những nhân vật quan trọng mà họ cần gặp.
Ngày 28-10-1963, Phái đoàn đến gặp và phỏng vấn 17 sinh viên đang bị tạm giam ở Trại Lê Văn Duyệt, thông qua sự chọn lựa ngẫu nhiên giữa tất cả những sinh viên họ được gặp.
Ngày 29-10, các cuộc phỏng vấn được thực hiện ở trại giam của Trung tâm Thẩm vấn Nha Tổng Giám Đốc Cảnh Sát Quốc Gia, nơi có nhiều vị tăng sĩ mà phái đoàn muốn phỏng vấn hiện vẫn còn bị giam giữ. Thời gian còn lại trong ngày, Phái đoàn đã tiếp đón và phỏng vấn 3 nhân chứng tại khách sạn Majestic, nơi phái đoàn đang tạm trú. Hai người trong số này tự nguyện tìm đến và người thứ ba đã nhận lời mời từ Chính phủ chuyển đến theo yêu cầu của Phái đoàn. Cũng trong ngày 29-10, Phái đoàn ra thông cáo báo chí nhắc lại lời mời gọi những người quan tâm hãy tìm đến để cung cấp thông tin cho phái đoàn. Phái đoàn cũng thông tin đến báo chí về chương trình làm việc chi tiết tại Việt Nam.
Căn cứ vào khối lượng công việc cần xử lý tại Sài Gòn, Phái đoàn đã quyết định

vào ngày 30-10-1963 chỉ cử 3 thành viên ra Huế, các thành viên còn lại tiếp tục công việc tại Sài Gòn. Trong ngày này, Phái đoàn đã phỏng vấn một số thành viên Chính phủ thuộc Bộ Nội vụ, Phủ Tổng Thống và Bộ Quốc Phòng, với tư cách họ là những thành viên của Ủy ban Liên bộ trong cuộc đàm phán với Ủy ban Liên phái của Phật giáo. Cũng trong ngày 30-10, Phái đoàn phỏng vấn 2 nhân chứng khác, một người do Phái đoàn mời và một người tự nguyện tìm đến. Sáng ngày 31-10, Phái đoàn tiếp tục phỏng vấn thêm 2 nhân chứng khác trước khi các thành viên ở Huế quay về.
Về chuyến đi Huế, các thành viên đã tiếp xúc với đại diện Chính phủ tại miền Trung, Tư lệnh Quân đoàn 1, các quan chức đầu ngành của Chính quyền Tỉnh, Hiệu trưởng và Khoa trưởng trường Đại học. Sau khi nghe trình bày sơ lược về vấn đề Phật giáo, Phái đoàn đã chủ động đặt câu hỏi với cá nhân các vị này. Tiếp đó, Phái đoàn yêu cầu được tiếp xúc với các nhân chứng đã được nêu tên trong danh sách gửi đến Bộ Ngoại giao trước đó. Tuy nhiên, các viên chức Chính phủ cho biết trong số này có một nhân chứng được xem là “đối lập chính trị” và vì thế không được phép tiếp xúc với Phái đoàn.
Khi viếng thăm chùa Từ Đàm, Phái đoàn đã phỏng vấn 3 tăng sĩ và 1 sư cô, là những người đã được nêu tên trong danh sách trước đó. Ngoài ra còn có một vị tăng sĩ tự nguyện đến gặp. Khi về nghỉ tại khách sạn, Phái đoàn gặp và phỏng vấn tiếp nhân chứng thứ 5 trong danh sách, là một tăng sĩ. Có ba nhân chứng khác đã chuẩn bị thỉnh nguyện thư trình lên Phái đoàn và cũng được phỏng vấn. Sau đó, Phái đoàn tiếp tục phỏng vấn

thêm 2 nhân chứng khác có tên trong danh sách yêu cầu. Phái đoàn trở về Sài Gòn bằng máy bay vào sáng ngày 31-10-1963 với tiền vé do họ tự chi trả.
Cũng trong ngày 31-10, Phái đoàn viếng thăm Bộ Ngoại giao và lặp lại đề nghị phỏng vấn Thượng tọa Thích Trí Quang, mặc dù trước đó Chính phủ Việt Nam đã từ chối. Phản ứng của Bộ Ngoại giao là vẫn giữ nguyên quan điểm, rằng Phái đoàn không thể tiếp xúc với một người đang ở tình trạng “tỵ nạn” trong Tòa Đại sứ Mỹ. Cách “duy nhất để cuộc tiếp xúc có thể tiến hành là Thượng tọa Thích Trí Quang phải được giao cho phía Chính phủ Việt Nam” (it could only agree to such contact if the monk was delivered to the authorities). Tuy nhiên, phía Mỹ không chấp nhận.
Một số người đã liên lạc với phái đoàn qua điện thoại và trình bày rằng họ không dám đến khách sạn Majestic để gặp phái đoàn, bởi có nhiều cảnh sát thường xuyên canh giữ ở đó. Phái đoàn đã đề nghị họ có thể gửi các cáo buộc qua thư. Trong thực tế, phái đoàn đã nhận được rất nhiều cáo buộc được gửi qua đường bưu điện. Một nhân chứng đề nghị được gặp người của phái đoàn và cho điểm hẹn tại một nhà hàng. Phái đoàn đã cử một thành viên đến gặp đúng hẹn nhưng không hiểu lý do vì sao người này đã không đến. Về trường hợp của Thượng tọa Thích Trí Quang, phái đoàn đã quyết định ghi nhận thái độ của Chính phủ Việt Nam và không làm gì thêm nữa.
Một điều đáng chú ý là vào hôm 29-10-1963, Bộ Nội vụ Việt Nam thông báo với phái đoàn rằng có 10 vị sư đã lên kế hoạch tự thiêu trong thời gian phái đoàn hiện diện tại Việt Nam. Trong thực tế, có một người đã tự thiêu trong ngày 27-10-1963, 5

người khác đã bị Chính phủ phát hiện và bắt giữ trước khi họ thực hiện việc tự thiêu. Phái đoàn yêu cầu được gặp 5 người bị bắt này và chiều 30-10, Chính phủ đã thu xếp để phái đoàn phỏng vấn một người trong số đó. Cũng trong chiều hôm đó, phái đoàn đã viếng thăm Bệnh viện Duy Tân, nơi nạn nhân của các vụ đàn áp trước đó đã được đưa vào điều trị. Phái đoàn cũng phỏng vấn thêm một nhân chứng khác tại khách sạn Majestic.
Cuộc họp cuối cùng giữa phái đoàn với các đại diện Chính phủ trước khi cuộc đảo chính diễn ra là để thu xếp một chuyến viếng thăm thứ hai đến Trại giam thuộc Trung tâm Thẩm vấn của Nha Tổng Giám Đốc Cảnh Sát Quốc Gia. Sau khi thu thập thêm nhiều chứng cứ mới ở Sài Gòn và Huế, phái đoàn thấy rằng việc quay trở lại nơi này là cần thiết. “Buổi sáng ngày 1-11, phái đoàn đã thực hiện cuộc viếng thăm và phỏng vấn thêm một số các vị tăng sĩ tại đây.” (where the Mission went on the morning of 1 November to interview some more monks.) Phái đoàn cũng “quyết định gửi một số thành viên đến Vĩnh Bình trong ngày 2-11 để tiếp xúc với cộng đồng Phật giáo gốc Khmer, thuộc hệ phái Tiểu thừa.” (decided to send a delegation to Vinh-Binh on 2 November to visit the religious community of Khmer origin, belonging to the “Lesser Vehicle) Phái đoàn cũng đã quyết định sẽ hoàn tất nhiệm vụ vào buổi tối ngày 3-11 và rời khỏi Sài Gòn cùng ngày. Sau đó, tất cả thành viên đồng ý sẽ có mặt tại New York chậm nhất là vào thứ Bảy, 9-11-1963, để Phái đoàn có thể tổ chức buổi họp toàn thể vào ngày thứ Hai, 11-11-1963, lúc 3 giờ chiều.
Trong thực tế, sau buổi phỏng vấn sáng ngày 1-11-1963, Phái đoàn trở về khách sạn Majestic và

chỉ đến 2 giờ chiều họ mới nhận được thông tin đầu tiên để biết về cuộc đảo chánh đang diễn ra. Đại diện Chính phủ lúc đó đề nghị họ ở yên trong khách sạn, vì đã xảy ra giao tranh ở một số nơi trong thành phố. Kể từ lúc đó cho đến sáng ngày 2-11-1963, Phái đoàn hoàn toàn không thể liên lạc với phía Chính phủ.
Sáng sớm ngày 2-11-1963, Đại diện đặc biệt của Việt Nam tại Liên Hiệp Quốc, ông Bửu Hội, đến gặp Phái đoàn tại khách sạn Majestic để chuyển lời của Hội đồng Quân nhân Cách mạng lúc đó vừa lên nắm quyền. Hội đồng này muốn gửi lời chào đến Phái đoàn và có lời mời Phái đoàn có thể tiếp tục ở lại Việt Nam bao lâu tùy thích, đồng thời cũng bày tỏ mong muốn được tiếp đón Phái đoàn vào chiều hôm đó. Vị Trưởng đoàn hồi đáp rằng Phái đoàn đã có quyết định rời Việt Nam vào ngày 3-11-1963 và sẽ đánh giá cao sự trợ giúp của Hội đồng Quân nhân Cách mạng để Phái đoàn có thể ra đi dễ dàng.
Chiều hôm đó, 2-11-1963, vị Trưởng đoàn đã thay mặt Phái đoàn đến thăm xã giao các tướng Dương Văn Minh, Trần Văn Đôn và Lê Văn Kim. Tướng Minh đã nhắc lại lời mời rằng Phái đoàn có thể ở lại tùy ý để hoàn tất nhiệm vụ. Trưởng đoàn cho biết nhiệm vụ của Phái đoàn đã hoàn tất và ngày ra đi đã được quyết định. Ngày 3-11-1963, Phái đoàn ra thông cáo báo chí trước khi rời Sài Gòn và có đề cập đến cuộc viếng thăm Hội đồng Quân nhân Cách mạng. Trong thông cáo báo chí này, Phái đoàn đã công khai cho biết một số lãnh đạo Phật giáo mà họ đã phỏng vấn, bao gồm các vị Thích Trí Thủ, Thích Quảng Liên, Thích Tam Giác, Thích Tâm Châu, Thích Đức Nghiệp, Thích Tiến Minh

và Cư sĩ Mai Thọ Truyền.
Phái đoàn rời Sài Gòn lúc 6 giờ chiều ngày 3-11-1963, có tướng Lê Văn Kim, đại diện Hội đồng Quân nhân Cách mạng và ông Phạm Đăng Lâm, đại diện Bộ Ngoại giao, cùng ra đưa tiễn.