Khai tổ: Bồ Tát Mã Minh vào khoảng thế kỷ 1 và Bồ Tát Long Thụ khoảng thế kỷ 2, 3 ở Ấn Độ.
             Giác Hiền (Bodhibhadra) dịch kinh Hoa nghiêm vào khoảng đầu thế kỷ 5. Đỗ Thuận truyền bá Hoa nghiêm tông ở Trung Hoa vào thế kỷ 7.
             Đạo Tuyền truyền sang Nhật Bản từ năm 736.
Giáo lý căn bản: Kinh Hoa nghiêm
Tông chỉ: Tất cả các pháp đều do duyên khởi và phụ thuộc lẫn nhau, cái này sinh thì cái kia sinh, cái này diệt thì cái kia diệt, không một pháp nào có thể tồn tại độc lập trong thế giới này, cho đến giữa một hạt bụi nhỏ nhất với một cõi thế giới to lớn nhất trong vũ trụ cũng đều có sự tương quan mật thiết với nhau.

LỊCH SỬ

Tông này lấy bộ kinh Hoa nghiêm làm nền tảng, nên gọi tên là Hoa nghiêm tông. Kinh Hoa nghiêm có tên gọi đầy đủ là Đại Phương Quảng Phật Hoa nghiêm Kinh, là một trong những bộ kinh rất uyên áo, sâu xa. Sau khi thành đạo, đức Phật đã vì các vị Đại Bồ Tát như Văn-thù, Phổ Hiền... mà thuyết giảng kinh này chứ không phải dành cho những vị đệ tử mới học đạo. Tương truyền khi kết tập kinh điển thì kinh này đã thất truyền. Phải đến khoảng 700 năm sau, khi Bồ Tát Long Thụ ra đời, sau khi chứng ngộ mới dùng thần thông hiện đến cung điện của Long vương, tìm thấy nơi ấy có cất giữ ba bản kinh Hoa nghiêm. Tuy nhiên, trong đó có hai bản nghĩa lý quá sâu xa huyền diệu, trí huệ của người đời không thể nhận hiểu nổi. Ngài liền xem qua bản thứ ba, thấy có một trăm ngàn bài kệ, chia làm 48 phẩm (có thuyết nói là 38), nghĩa lý có thể truyền dạy cho người đời được, liền mang về Ấn Độ. Tuy

nhiên, có thuyết khác nói rằng trước đó, Bồ Tát Mã Minh cũng là người thông hiểu về kinh Hoa nghiêm.
Vào đời Đông Tấn, năm Nghĩa Hy thứ 14 (418), ngài Phật-đà-bạt-đà-la (Buddhabhadra - Giác Hiền) là một tăng sĩ từ Ấn Độ sang Trung Hoa, lần đầu tiên dịch kinh Hoa nghiêm sang Hán văn, có 60 quyển. Về sau, người ta gọi bản dịch này là Cựu Hoa nghiêm kinh.
Đến đời Đường, vào năm 699, ngài Thật-xoa-nan-đà lại dịch kinh Hoa nghiêm sang Hán văn. Bản dịch lần này có 80 quyển, về sau được gọi là Tân Hoa nghiêm kinh.
Nhưng phải đến ngài Đỗ Thuận thì Hoa nghiêm tông mới chính thức được khai sáng, trở thành một trong các tông phái lớn của Trung Hoa.
Ngài Đỗ Thuận sinh năm 557, viên tịch ngày rằm tháng 11 năm Trinh Quán thứ 14 (640) tại chùa Nghĩa Thiện ở Nam Giao.
Ngài họ Đỗ, tên húy là Pháp Thuận, hiệu là Đế Tâm Tôn giả, đương thời tôn xưng là Đôn Hoàng Bồ Tát. Ngài tư chất thông minh, đạo hạnh cao vời, người bấy giờ đều tin rằng ngài chính là Bồ Tát Văn-thù giáng thế.
Năm 18 tuổi ngài xuất gia tại chùa Nhân Thánh, theo học Thiền với ngài Tăng Trân. Về sau, ngài vào ẩn cư trong núi Chung Nam, xiển dương giáo lý Hoa nghiêm, người tìm đến học với ngài rất đông, có cả hai giới xuất gia và tại gia. Vua Đường Thái Tông nghe biết về đức độ của ngài, truyền thỉnh vào cung diện kiến, đối đãi rất cung kính. Về sau, trong thời gian cuối đời ngài đi khắp mọi nơi, khuyên người niệm Phật A-di-đà và có trước tác văn xưng tán Tịnh độ.
Sau ngài Đỗ Thuận, Hoa nghiêm tông tiếp tục được truyền nối và phổ biến. Tổ thứ hai là ngài Vân Hoa Trí Nghiễm, tổ thứ ba là

ngài Hiền Thủ Pháp Tạng. Ngài Hiền Thủ có công lớn trong việc hoàn chỉnh phần giáo lý Hoa nghiêm tông do các vị Tổ sư đời trước truyền lại, khiến cho tông này được hưng thịnh, nên người bấy giờ cũng gọi Hoa nghiêm tông là Hiền Thủ tông.
Ngài Thanh Lương Trừng Quán tiếp nối làm tổ thứ tư, có soạn bản Đại sớ sao chú giải về kinh Hoa nghiêm rất tinh vi, rành mạch, giúp cho người học có thể tiếp thu giáo lý Hoa nghiêm tông một cách dễ dàng hơn. Nhờ vậy, tông này vào thời của ngài càng thêm phát triển, cũng được người đời gọi là Thanh Lương tông.
Vị tổ thứ năm là ngài Khuê Phong Tông Mật, là một vị thiền sư. Ngài Khuê Phong thông hiểu kinh Viên giác, có soạn sớ giải cho kinh này. Ngài cũng kết hợp phần giáo lý kinh Viên giác với kinh Hoa nghiêm để giúp người tu tập thể nhập vào một cảnh giới giải thoát cao siêu hơn. 
Sau khi ngài Tông Mật viên tịch không lâu thì gặp phải pháp nạn đời Đường Võ Tông vào năm 845, kinh luận bị thiêu hủy rất nhiều, Hoa nghiêm tông từ đó phải tạm suy vi.
Phải đợi đến đời Tống mới có ngài Tử Tuyền đứng ra trùng hưng Hoa nghiêm tông. Ngài sinh năm 965, viên tịch năm 1038. Đệ tử của ngài là Tịnh Nguyên cũng có soạn sớ giải kinh, lại thêm có bốn vị Đạo Đình, Quan Phục, Sư Hội, Hy Địch, mỗi vị đều có soạn chú giải về năm phần giáo của Hoa nghiêm tông. Nhờ đó mà tông này được hưng thịnh trở lại. Người đời tôn xưng bốn vị này là Tứ đại gia đời Tống.
Truyền nối về sau, Hoa nghiêm tông tiếp tục có rất nhiều bậc danh tăng đạo cao đức trọng, như đời Nguyên (1279 – 1368) có các ngài Phổ

Thuỵ, Viên Giác, Bổn Hao, Bàn Cốc, Văn Tài, Đạt Ích Ba... ; đời Minh (1368 – 1644) có các vị Đức Thanh, Cổ Đình, Lý Trác Ngô, Đạo Thông, Như Phi, Tổ Trụ...; sang đời nhà Thanh còn có các vị Chu Khắc Phục, Tục Pháp...
Đó là lược nói qua về sự truyền nối tông Hoa nghiêm ở Trung Hoa. Còn Hoa nghiêm tông ở Nhật Bản thì Tổ sư khai sáng là ngài Đạo Tuyền. Ngài sinh năm 702, viên tịch năm 760, quê ở Hứa Châu, Hà Nam, Trung Hoa. Ngài xuất gia từ nhỏ, thọ Cụ túc giới và theo học Luật tạng với ngài Định Tân, sau mới theo ngài Phổ Tịch học giáo lý Hoa nghiêm  và Thiền học.
Tháng 11 năm 722, thiên hoàng Nhật Bản lần đầu tiên cho sao chép bản Tân Hoa nghiêm kinh (bản dịch của ngài Thật-xoa-nan-đà) tại Nhật Bản. Đến tháng 7 năm 736, thỉnh ngài Đạo Tuyền sang Nhật Bản thuyết pháp. Ngài mang theo rất nhiều các bản chú giải kinh Hoa nghiêm sang thuyết giảng ở Nhật, đệ tử theo học rất đông. Sau đó ngài thường đi khắp nơi giảng dạy về giới luật, từng nhận lời đến ở chùa Đông Đại (Todaiji) giảng thuyết pháp yếu. Đối với sự nghiệp hoằng truyền Phật giáo ở Nhật Bản vào khoảng đầu thời kỳ Nại Lương, ngài là người có công rất lớn. Ngài không chỉ khai sáng Hoa nghiêm tông ở Nhật Bản, mà còn là tổ sư thứ hai của Thiền tông tại Nhật Bản.
Đến năm 740, thiên hoàng Nhật Bản lại thỉnh một vị tăng người Triều Tiên là Thẩm Tường sang giảng Kinh Hoa nghiêm tại chùa Đông Đại (Todaiji). Vị này giảng thuyết kinh Hoa nghiêm tại đó trong ba năm.
Hoa nghiêm tông ở Nhật sau đó truyền đến vị tăng Nhật Bản là Lương Biện, được Thánh Võ Thiên hoàng (724 – 749) rất tôn kính,

ra sắc chỉ cho xây dựng chùa Đông Đại thành tổ đình của Hoa nghiêm tông. Sau đó truyền đến các vị Thật Trung, Đẳng Định, Chánh Tấn... đều là những bậc cao tăng. Cho đến đời ngài Quang Trí thì Hoa nghiêm tông trở nên rất hưng thịnh. Ngài có xây dựng Tôn Thắng Viện để làm nơi chuyên tu tập giáo nghĩa Hoa nghiêm.
Cho đến nay, tại Nhật Bản vẫn còn rất nhiều vị cao tăng tinh thông giáo lý Hoa nghiêm tông, hiện ở Nhật hiện nay có 27 ngôi chùa thuộc tông này, 48 vị tăng, 200 vị cư sĩ tu tập tại gia và 22.000 tín đồ kính ngưỡng thường lui tới lễ bái cúng dường.[43]